cisimlerin, özelliklerini kaybetmeden bölünebileceği en küçük parçadır. bir molekülde en az 2, en çok 200.000 atom bulunur. eğer bir molekülün atomlarında ayrışma olursa, o zaman cisim özelliğini kaybeder ve başka bir cissmin molekülü haline gelir. bir su molekülünde 2 hidrojen ve 1 oksijen atomu vardır. o halde su molekülü 3 atomdan meydana gelmiştir. bir adet şeker molekülünde 41, nişasta molekülünde ise 4.000 atom vardır. en fazla atomu olan moleküller protein molekülleridir. bunlardaki atom sayısı 100.000 ile 200.000 arasında değişir.
moleküller cisimlerin yapı taşlarıdır. her molekül birkaç, ya da birçok atomdan meydana gelmiş olmasına rağmen yine de cisimlerin inanılmayacak kadar küçük parçasıdır. mesela bir damla suda on milyonlarca su molekülü vardır. eğer yarım santim uzunluğunda bir kalem ucundaki moleküllerin büyüklüğü bir kum tanesi kadar olsaydı, kalem ucunun uzunluğu 800 metreyi bulurdu.
elemanların molekül sayısı, atom işaretinin sağ alt kenarına yazılır. h20 su molekülünün formülüdür. bunda «h2» iki hidrojen atomunu gösterir. «o» da 1 oksijen atomudur. eğer bir molekül, çeşitli elemanların atomlarından meydana gelmişse buna bileşik molekül denir. mesela su, molekülü bileşik bir moleküldür.
moleküller gaz, sıvı ve katı olarak bulunurlar. genel olarak, diğer özellikleri aynı olmak şartıyla, moleküller, büyük ve ağır oldukça daha zor buharlaşırlar. mesela, metan' dan butan' a kadar olan moleküller normal sıcaklıkta gazdırlar. ancak pentan’dan pentadekan' a kadar olanlar ise sıvıdırlar. heksadekan ve daha ağır olanlar ise katıdır. bu durum ayrıca sıcaklığa ve moleküller arası çekim kuvvetine bağlıdır.
molekül yığınlarında moleküller, oldukça zayıf moleküller arası kuvvetle tutulurken; moleküllerin elektrik yüklü olması halinde kuvvetli bir elektrostatik kuvvetle bir arada tutulurlar. böyle bir katı kristali eritmek için bu kuvvetli bağların çözülmesi gerekir. bu ise erime noktasının yüksek olması ve daha fazla enerjiye ihtiyaç olunması sonucunu getirir.